باشگاه استقلال با ۳ پرونده شکایت در فیفا روبه‌روست که اگر اقدامی برای پرداخت مطالبات این باشگاه صورت نگیرد، آبی‌پوشان را با محرومیت از پنجره نقل ‌و انتقالات و کسر امتیاز روبه‌رو خواهد کرد.

بویان در نیم‌فصل دوم فصل ۹۷-۹۶ به استقلال پیوست و در حالی که مدیران وقت باشگاه می‌توانستند با کمتر از ۸۰ هزار دلار قراردادش را فسخ کنند، این کار را انجام ندادند تا باشگاه محکوم به پرداخت ۳۳۰ هزار دلار از کل قرارداد به اضافه جرایم دیرکرد شود؛ رقمی که با احتساب دلار امروز، چیزی نزدیک به شش میلیارد تومان می‌شود. باشگاه استقلال هزینه دادرسی پرونده به CAS را پرداخت نکرد تا این دادگاه حکم کمیته انضباطی فیفا را تأیید کند. در حکم فیفا آمده است که اگر طلب‌ هافبک مقدونیه‌ای پرداخت نشود، استقلال از سه پنجره نقل ‌و انتقالاتی محروم خواهد شد. نفر بعدی وینفرد شفر، سرمربی سابق آبی‌هاست.

شفر در ابتدا، خواهان یک میلیون و ۷۰۰ هزار دلار از استقلال شده بود، اما چون در سال پایانی قراردادش راهی بن‌یاس امارات شد، فیفا حقوق‌ عقب‌افتاده او توسط استقلال در لیگ هجدهم به اضافه مابه‌التفاوت قرارداد بین‌یاس و استقلال در سال سوم قرارداد را محاسبه کرد که ۵۵۰ هزار دلار شد. در اخطاریه فیفا به باشگاه استقلال آمده است که اگر پول این مربی پرداخت نشود، جرایم دیگری برای استقلال لحاظ می‌شود. مسئولان باشگاه استقلال با توجه به اینکه نمی‌توانند یک میلیون دلار تهیه کنند، سخت در تلاش برای گرفتن رضایت از بویان و شفر هستند که تا امروز تلاش آنها نتیجه‌ای نداشته است. این در حالی است که امیرحسین فتحی، مدیرعامل وقت باشگاه در تاریخ ۹ اردیبهشت ماه سال ۹۸ در گفت‌وگوی تلویزیونی اعلام کرد که قرارداد شفر با هزینه نزدیک به صفر فسخ می‌شود اما این اتفاق نیفتاد و حالا باید آبی‌ها حدود ۱۰ میلیارد به شفر بدهند. وینفرد شفر سرمربی آلمانی در گفت‌وگویی، مدیران وقت باشگاه را به خرابکاری علیه نتایج خوب و رؤیای قهرمانی آسیا متهم می‌کند.

او در گفت و گویی بیان داشت: «آن زمان تیم و کادر فنی، با مشکلات عجیب و غریبی دست و پنجه نرم می‌کرد و من هرگز چیزی مشابه آن را تجربه نکرده بودم. ما می‌توانستیم در سال دوم قهرمان آسیا شویم اگر همان تیم سال اول حضور من در استقلال را حفظ می‌کردیم.» احمد سعادتمند، مدیرعامل استقلال روز چهارشنبه در گفت‌وگو با رسانه باشگاه استقلال اعلام داشت که تا پنج روز آینده باید ۵۵۰ هزار دلار معادل حدوداً ۱۰ میلیارد تومان را به شفر بپردازد. (یعنی تا روز دوشنبه).

باشگاه استقلال علاوه بر این باید به لئوناردو پادوانی، مدافع سابقش نیزغرامت میلیاردی بدهد. پادوانی بعد از مصدومیتی که از ناحیه نخاع در بازی با فولاد با آن مواجه شد بامداد ۹ آذر ماه سال ۹۷ تهران را به مقصد کشورش ترک کرد و از آن تاریخ به بعد برای دریافت طلب ۱۰۰ هزار دلاری خود چندین و چندبار با باشگاه استقلال نامه‌نگاری کرد اما در نهایت راه به جایی نبرد و به فیفا شکایت کرد.

پادوانی در گفت‌و‌گویی خواستار دریافت غرامت میلیاردی از استقلال شده است. او در این خصوص اظهار داشت: «هنوز زمان صحبت در مورد این موضوع نشده اما وقتش که برسد در مورد شکایت از استقلال صحبت خواهم کرد.»