یک نماینده پیشین مجلس  در نامه‌ای به محمد باقر قالیباف رئیس مجلس یازدهم از وی خواست در مقام رئیس مجلس یازدهم از استقلال و حریت مجلس دفاع کند.
علی مطهری در این نامه نوشته است:
جناب آقای قالیباف رئیس محترم مجلس یازدهم با سلام.

همان‌طور که مستحضر هستید جناب آقای جنتی دبیر محترم شورای نگهبان در ملاقات با هیئت رئیسه مجلس بر دو نکته تأکید فرمودند که ملاحظاتی درباره آن‌ها به نظر می‌رسد. یکی اینکه گفته‌اند «گرچه نظارت ما بر روی نمایندگان نظارت دائمی است، اما شورا به دلیل اشکال قانونی نمی‌تواند در دوره چهار ساله نمایندگی، فردی را که دچار انحراف و فساد می‌شود از ادامه کار منع کند.» اولاً مطابق قانون اساسی شورای نگهبان وظیفه و حقی در خصوص نظارت بر نمایندگان در دوره چهار ساله نمایندگی ندارد.اصل نود و نهم قانون اساسی صرفاً می‌گوید «شورای نگهبان نظارت بر انتخابات مجلس خبرگان رهبری، ریاست جمهوری، مجلس شورای اسلامی و مراجعه به آراء عمومی و همه‌پرسی را برعهده دارد.» نظارت بر انتخابات به معنی نظارت بر نمایندگان در طول چهار سال نمایندگی نیست.نمایندگان نیز مانند بقیه مردم اگر در دوره نمایندگی جرمی مرتکب شوند توسط دستگاه‌های مربوط رسیدگی می‌شود. ثانیاً فرضاً بپذیریم که شورای نگهبان حق نظارت بر رفتار نمایندگان را در طول چهار سال نمایندگی دارد و می‌تواند نماینده‌ای را که دچار انحراف و فساد می‌شود از ادامه کار منع کند، از آنجا که این شورا اظهارنظر‌های نمایندگان را نیز رصد می‌کند و با بینش خاص خود می‌سنجد و هرکس را که مخالف عقیده او سخنی را ابراز کند دچار انحراف و فساد می‌داند، لذا دادن این اختیار به شورای نگهبان به استقلال مجلس و حریت و آزادگی نمایندگان آسیب جدی می‌رساند.

در حال حاضر نوع رفتار شورای نگهبان در بررسی صلاحیت کاندیدا‌ها به اندازه کافی نمایندگان را ملاحظه‌کار کرده است، اگر نظارت در دوره چهارساله را هم به آن اضافه کنیم چیزی از مجلس باقی نمی‌ماند و مجلس را باید زیرمجموعه شورای نگهبان به حساب آوریم نه در عرض آن.

قبلاً نیز شورای نگهبان این خیز را برداشته بود، اما عقلای مجلس اجازه این کار را ندادند. ظاهراً ترکیب خاص مجلس یازدهم دوباره این وسوسه را در آن‌ها ایجاد کرده است.همچنین در آن دیدار، دبیر محترم شورای نگهبان خواستار همکاری کارشناسان پژوهشکده شورای نگهبان در بررسی طرح‌ها و لوایح در کمیسیون‌های مجلس و در واقع خواهان ورود آن‌ها در روند قانون‌گذاری شده‌اند. این امر دو تالی فاسد دارد: یکی اینکه کارشناس پژوهشکده شورای نگهبان ـ چنانکه در گذشته نیز شاهد بوده‌ایم ـ نماینده شورای نگهبان تلقی می‌شود و حضور او موضوع تأیید صلاحیت در آینده را برای نماینده تداعی می‌کند و از استقلال و حریت وی می‌کاهد.دیگر اینکه این امر موجب تداخل کار قانون‌گذار و ناظر می‌شود. مجلس قانون‌گذار است و شورای نگهبان ناظر، نباید در کار یکدیگر دخالت کنند. البته در موارد خاص و نادر که موضوع انطباق با شرع پیچیدگی دارد حضور این مشاوران مانعی ندارد، اما اگر تبدیل به رویه شود مشکل‌ساز است.

جناب‌عالی به عنوان رئیس مجلس و سایر نمایندگان محترم وظیفه دارید از استقلال و حریت مجلس دفاع کنید و اجازه ندهید مجلس بیش از این از جایگاه خود در قانون اساسی تنزل پیدا کند. برای آن مقام محترم و سایر نمایندگان آرزوی توفیق دارم.

با تقدیم احترام علی مطهری