با حکم مسعود پزشکیان رئیس‌جمهور، دریابان علی شمخانی دبیر شورای دفاع شد.

بر اساس این حکم، مأموریت دبیر شورای دفاع، ایجاد و اداره دبیرخانه شورا و پیگیری برنامه‌های تخصصی آن شامل طراحی و تقویت همه‌جانبه آمادگی‌های دفاعی، تدوین سازوکارهای مقابله با تهدیدات نوظهور، هم افزایی سایر ارکان قدرت جمهوری اسلامی با عرصه دفاعی، تنظیم چارچوب‌های دیپلماسی دفاعی و ساماندهی فعالیت‌های حوزه ارتباطات راهبردی و جنگ شناختی در حوزه راهبردی دفاعی است.

شورای دفاع ساختاری است که پس از جنگ ۱۲ روزه در پاسخ به تهدیدات جدید شکل گرفته و هدف آن افزایش هماهنگی، انسجام و کارآمدی در تصمیم‌سازی دفاعی و ارتقای بازدارندگی در سطوح عالی است.