اجرا‌های صحنه‌ای این دوره از جشنواره با حضور گروه‌های موسیقی در بخش‌های ردیف دستگاهی، نواحی، کلاسیک، بین‌الملل، ارکسترال، پاپ، کودک و نوجوان، بانوان و سرود با ۸۱ اجرا در ۷۲ نوبت به روی صحنه می روند. 

 ارکستر موسیقی ملی ایران به رهبری همایون رحیمیان فردا دوشنبه ۲۳ بهمن از ساعت ۱۸:۳۰ در تالار وحدت با همراهی گروه کر بنیاد رودکی به رهبری رازمیک اوحانیان، روی صحنه می‌رود. در این اجرا محمد معتمدی به عنوان خواننده و مازیار ظهیرالدینی به عنوان کنسرت مایستر، ارکستر موسیقی ملی ایران را همراهی می‌کنند.

همچنین پاسداشت سه نفر از بزرگان موسیقی ایران شامل استاد فضل‌الله توکل (نوازنده پیشکسوت و مطرح سنتور)، زنده یاد استاد لطف‌الله مجد (نوازنده تار) و زنده یاد استاد مرتضی محجوبی (نوازنده پیانو) در تالار وحدت برگزار می شود. 

 در جشنواره امسال گروه‌هایی از کشور‌های هندوستان، بلژیک، عراق، ارمنستان، افغانستان، ازبکستان، تاجیکستان و هلند نیز اجرا خواهند داشت.

رسیتال پیانوی هایک ملیکیان ـ ارمنستان (۲۳ بهمن‌ماه)، سردار سولیف ـ ازبکستان (۲۴ بهمن‌ماه)، «خمسه» ـ امیرحسین محمدخانی (۲۵ بهمن‌ماه)، ارکستر امین غفاری (۲۶ بهمن‌ماه) و ارکستر بادی «راین» ـ امیرحسین محمدیان (۲۷ بهمن‌ماه) روی صحنه خواهند رفت.

 این تالار هر شب از ساعت ۲۱:۳۰ نیز میزبان اجرا‌های جشنواره خواهد بود. عندلیبان ـ افغانستان (۲۳ بهمن‌ماه)، ابرار زوفاروف (۲۴ بهمن‌ماه)، نیکولاس فن‌پوکه ـ هلند (۲۵ بهمن‌ماه)، شب استاد فضل‌الله توکل (۲۶ بهمن‌ماه)، شب استاد لطف‌الله مجد با اجرای سامان صادقیان و جواد علیرضایی و شب استاد مرتضی محجوبی با اجرای محمدرضا امیرقاسمی (۲۷ بهمن‌ماه) در این شب‌ها اجرا خواهند داشت.

همچنین تالار وحدت در ایام برگزاری سی و نهمین جشنواره بین المللی موسیقی فجر، میزبان ۱۵ اجرای صحنه‌ای خواهد بود.

اجرا‌های صحنه‌ای بانوان در جدول جشنواره سی و نهم ستون ثابت دارد و ۵ گروه ویژه بانوان، هر روز ساعت ۱۴:۳۰ در تالار وحدت روی صحنه خواهند رفت. گروه «نهال» ۲۳ بهمن‌ماه، «نوشه» ۲۴ بهمن‌ماه، «ماهنی» ۲۵ بهمن‌ماه، «پارلای تبریز» ۲۶ بهمن‌ماه و «ژناوا» ۲۷ بهمن‌ماه اجرا‌های ویژه بانوان در ایام جشنواره هستند که مخاطب آنها هم به طور مشخص بانوان هستند.

تالار وحدت، هرشب از ساعت ۱۸:۳۰ نیز میزبان علاقمندان موسیقی خواهد بود. ارکستر ملی ایران به رهبری همایون رحیمیان و خوانندگی محمد معتمدی (۲۳ بهمن‌ماه)، راهیش بهارتی از هندوستان (۲۴ بهمن‌ماه)، ارکستر «ترنم فتح» رزم‌نوازان (۲۵ بهمن‌ماه)، ارکستر چکاوک به رهبری رضا شایسته (۲۶ بهمن‌ماه) و موسیقی تلفیقی گروه «حجاز»، بلژیک و عراق (۲۷ بهمن‌ماه) روی صحنه خواهند رفت.

این تالار هر شب از ساعت ۲۱:۳۰ نیز میزبان اجرا‌های جشنواره خواهد بود. سالار عقیلی (۲۳ بهمن‌ماه)، حجت اشرف‌زاده (۲۴ بهمن‌ماه)، ارکستر سمفونیک صدا و سیما به رهبری حسین شریفی (۲۵ بهمن‌ماه)، علی زندوکیلی (۲۶ بهمن‌ماه) و ارکستر سمفونیک تهران به رهبری منوچهر صهبائی (۲۷ بهمن‌ماه) روی صحنه خواهند رفت.

تالار وحدت، تالار رودکی، فرهنگسرای ارسباران، فرهنگسرای بهمن، سالن سوره حوزه هنری، سالن کوشک باغ هنر و سالن میلاد نمایشگاه بین‌المللی میزبان اجرا‌های این دوره از جشنواره هستند.

سی و نهمین جشنواره بین المللی موسیقی فجر از ۲۳ تا ۲۸ بهمن امسال در بخش‌های رقابتی (جایزه باربد) و غیررقابتی همزمان در تهران و استان‌های دیگر برگزار و جایزه ترانه، جایزه موسیقی و رسانه، بخش سرود و نشست‌های پژوهشی برنامه‌های دیگر این دوره از جشنواره خواهد بود.